Библиотека сайта rus-linux.net
Установка и использование пакетов в GNU R
Оригинал: How to install and use packages in GNU R
Автор: Renata Rendek
Дата публикации: февраль 2013 года
Перевод: А. Кривошей
Дата перевода: май 2013 г.
Предыдущая статья о GNU R: Краткое руководство по статистическим моделям и построению графиков в GNU R,
1. Введение
GNU R предлагает пользователям большой набор пакетов различных типов, позволяющих строить графики или выполнять статистические тесты. Некоторые пакеты специально созданы для использования в каких-либо отраслях промышленности. Многие уже включены в базовый инсталляционный набор R, но часть необходимо устанавливать дополнительно. В этой статье описывается, как устанавливать и использовать пакеты в R.
2. Что такое пакет
Пакет - это набор функций, файлов помощи и данных, скомпонованных вместе. Для того, чтобы использовать пакет в R, необходимо сначала убедиться, что он инсталлирован в локальной библиотеке. В целом. одна библиотека системного уровня используется для хранения пакетов, устанавливаемых по умолчанию. Вы можете, однако, установить дополнительные библиотеки. Необходимо также помнить о загрузке пакетов в текущей сессии R. Это очень важно. Не рекомендуется загружать одновременно слишком много пакетов, так как это может привести к ошибкам вследствие конфликтов имен функций из разных пакетов.
3. Просмотр списка пакетов в локальной библиотеке
Проверить установленные по умолчанию в R пакеты можно с помощью функции getOption():
> getOption("defaultPackages")
[1] "datasets" "utils" "grDevices" "graphics" "stats" "methods"
В приведенном выше списке опущен базовый пакет. Он всегда загружается при запуске R и содержит элементарные функции.
Вы также можете просмотреть список загруженных в настоящее время пакетов:
> (.packages()) [1] "stats" "graphics" "grDevices" "utils" "datasets" "methods" [7] "base"
Чтобы увидеть все доступные пакеты, необходимо к приведенному выше выражению добавить опцию all.available.
> (.packages(all.available=TRUE)) [1] "base" "boot" "class" "cluster" "codetools" [6] "compiler" "datasets" "foreign" "graphics" "grDevices" [11] "grid" "KernSmooth" "lattice" "MASS" "Matrix" [16] "methods" "mgcv" "nlme" "nnet" "parallel" [21] "rpart" "spatial" "splines" "stats" "stats4" [26] "survival" "tcltk" "tools" "utils"
Более того, вы можете выполнить функцию library() без аргументов. В выводе будет список всех доступных пакетов с кратким описанием, как показано ниже:
Packages in library '/usr/lib/R/library':
base The R Base Package
boot Bootstrap Functions (originally by Angelo Canty
for S)
class Functions for Classification
cluster Cluster Analysis Extended Rousseeuw et al.
codetools Code Analysis Tools for R
compiler The R Compiler Package
datasets The R Datasets Package
foreign Read Data Stored by Minitab, S, SAS, SPSS,
Stata, Systat, dBase, ...
graphics The R Graphics Package
grDevices The R Graphics Devices and Support for Colours
and Fonts
grid The Grid Graphics Package
KernSmooth Functions for kernel smoothing for Wand & Jones
(1995)
lattice Lattice Graphics
MASS Support Functions and Datasets for Venables and
Ripley's MASS
Matrix Sparse and Dense Matrix Classes and Methods
methods Formal Methods and Classes
:
4. Загрузка пакетов
Давайте загрузим пакет lattice. Это можно сделать с помощью функции library():
> library(lattice)
Вывести относящуюся к пакету документацю можно с помощью следующей команды:
> library(help=lattice)
Эта команда выводит список релевантной информации для пакета lattice с функциями, которые могут быть использованы в этом пакете.
Дополнительную информацию можно получить с помощью команды:
>?Lattice
5. Поиск и установка пакетов для R
Один из самых больших источников пакетов для R - Comprehensive R Archive Network (CRAN). Он поддерживается R Foundation, которая также контролирует разработку R. CRAN имеет несколько зеркал по всему миру, поэтому вы можете найти ближайшее к вам для минимизации времени загрузки. Например, вы можете получить список доступных в CRAN пакетов для R.Также в CRAN доступна документации для каждого пакета.
5.1. Установка пакетов R в командной строке Linux
Во-первых, мы опишем, как установить пакет R из командной строки Linux. Например, мы могли бы установить пакет "likelihood". Мы можем скачать его с помощью команды:
$ wget -q http://cran.csiro.au/src/contrib/likelihood_1.5.tar.gz
Далее мы используем команду R CMD INSTALL для его установки. Обратите внимание, что, в зависимости от директории, в которую устанавливается пакет, вам могут потребоваться привилегии суперпользователя.
$ sudo R CMD INSTALL likelihood_1.5.tar.gz [sudo] password for lubos: * installing to library '/usr/local/lib/R/site-library' * installing *source* package 'likelihood' ... ** package 'likelihood' successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** data ** demo ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded * DONE (likelihood)
Примечание: некоторые пакеты имеют зависимости. В этом случае необходимо сначала установить их с помощью этой же команды.
5.2. Установка пакетов из консоли R
В R имеется функция для установки пакетов непосредственно из консоли R. Эта функция предлагает вам выбрать ближайшее зеркало, а затем скачивает и устанавливает требуемый пакет. Обратите внимание на путь, по которому будет устанавливаться пакет. Он понадобится, если будет нужно удалить соответствующий пакет.
> install.packages("likelihood")
Installing package(s) into '/home/renata/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15'
(as 'lib' is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Loading Tcl/Tk interface ... done
trying URL 'http://cran.csiro.au/src/contrib/likelihood_1.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 36789 bytes (35 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 35 Kb
* installing *source* package 'likelihood' ...
** package 'likelihood' successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** data
** demo
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (likelihood)
The downloaded source packages are in
'/tmp/RtmpWRwfqI/downloaded_packages'
Теперь давайте удалим пакет likelihood. Это можно сделать с помощью команды:
> remove.packages("likelihood", "/home/renata/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15")
6. Заключение
С помощью этой статьи мы приблизились к использованию пользовательских пакетов в GNU R. Как вы могли убедиться, выбор пакетов просто огромен, что объясняет чрезвычайно широкое применение GNU R в различных областях науки и промышленности.